Számos előnye ellenére van néhány hátránya az elektromos kisüléses megmunkálás alkalmazásának. Ezek a következők:
Csak vezető anyagokat lehet megmunkálni
Csak az elektromosan vezető fémek működnek jól az EDM módszerrel. Bár ez az eljárás feszültségmentes, meg kell jegyezni, hogy a hőkezelés befolyásolhatja a majdnem kész termék kohászatát.
Lassú anyageltávolítási sebesség
Az anyageltávolítási sebesség egy szikraforgácsoló gépben meglehetősen lassú, ellentétben a hagyományos megmunkálási folyamatokkal. A megmunkálási folyamat kétségtelenül nagy intenzitású módszer. Ez azt jelenti, hogy hosszabb ideig tart. Ennek eredményeként a gyártási idő növekedése befolyásolja az összköltséget. Ezért az EDM nem hatékony alkalmazási folyamat, ha nagyszabású projektekről van szó.
Drágább, mint a hagyományos marás vagy esztergálás
Az EDM módszer drágább, mint a hagyományos marás a nagy villamosenergia-igénye miatt. Extrém szénlábnyomot hoz létre, így kevésbé környezetbarát. Világszerte sok vállalat törekszik arra, hogy megfelelő intézkedéseket tegyen a szénlábnyom csökkentésére, és más, kevesebb áramot igénylő módszereket vezessen be. Ezeket a módszereket előnyben részesítik az EDM-műveletekkel szemben, és kevésbé károsak a környezetre.
Nehézségek az éles sarkok reprodukálásakor a munkadarabon
Mivel az EDM gyártása elektromos áramtól és hőtől függ a fém eltávolításához, az elektróda elhasználódik. Következésképpen ez befolyásolja az elektródák kopását, főleg a munkadarab éles sarkaiban vagy alacsony felületein. Az elektróda reprodukálási pontosságát negatívan befolyásolja.
